کتاب مکاتب تفسیری آقای علی اکبر بابایی که به­عنوان منبع درسی دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری نگارش یافته است، از امتیازات و کاستی­هایی چند در شیوه دسته­بندی روش­های تفسیری و معرفی روش تفسیری برخی تفاسیر برخوردار است. از جمله امتیازات این کتاب، ریشه­یابی روش­های تفسیری در روش­های تفسیری ماخوذ از روایات معصومان(ع) در همان بخش آغازین کتاب است که به تعبیر برخی منتقدین، سوگیری مذهبی خاصی را به دنبال داشته است؛ نیز دسته­بندی روش تفسیر اجتهادی قرآن به قرآن که در آن به ذکر برداشت­های مختلف از این نوع روش تفسیری در جهان اسلام پرداخته است و با این بیان جلوی بسیاری از برداشت­ها و قضاوت­های نادرست درباره تفاسیر قرآن به قرآن از جمله تفسیر شریف المیزان را گرفته است. این کتاب کاستی­هایی نیز دارد از جمله در دسته­بندی روش­های تفسیری دوره­های پس از صحابه و تابعین و نیز معرفی برخی تفاسیر در برخی اقسام روش­ها که در این مقاله سعی شده است تا تعدادی از این نکات واکاوی شود.